超高速ゲノム配列検索
GGGenome パッケージ版

ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）の公開するウェブ版GGGenomeと同様の結果を自社内のコンピュータ上で得ることができるパッケージを提供


  • 核酸医薬品やゲノム編集などのオフターゲット候補サイトの検索に最適！
  • ミスマッチや挿入欠失を含む短い塩基配列を高速に漏れなく検索！
  • デスクトップPC上で高速動作 Windows/Mac/Linuxに対応！
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GGGenome COVID-19パック発売！

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デモ動画

特長

１
あいまい配列検索
GGGenomeは塩基配列を高速に検索するツールで、ミスマッチ/ギャップを含む検索や、N (any), R (A or G), Y (C or T) 等のあいまいな塩基を含む配列を検索を実行可能です。
２
多くのデータベースを利用可能
検索できるデータベースは、ゲノム(350以上の生物種に対応)、転写産物(RefSeq、GENCODE、miRBaseなど)などがあり、6塩基以上の配列を検索可能です。（検索可能なデータベース一覧）
また、自社で保有しているデータベースを追加する事も可能です。（ご希望の場合、見積もりフォームにてカスタムインデックスを選択してください。）
３
検索支援スクリプト
ゲノム配列検索一括実行や、情報の補完処理を行うスクリプトをご用意しております。
※本スクリプトは製品保証対象外となります
４
国内の医薬品承認審査での実績あり
国内で承認された核酸医薬品2品目の承認審査において、当該品目の安全性評価にGGGenomeによるオフターゲット候補サイトの検索が貢献しました。
1) 医薬品医療機器総合機構,「オンパットロ点滴静注2mg/mL」審査報告書 (2019)
2) 医薬品医療機器総合機構,「ビルテプソ点滴静注250mg」審査報告書 (2020)
２
多くのデータベースを利用可能
検索できるデータベースは、ゲノム(350以上の生物種に対応)、転写産物(RefSeq、GENCODE、miRBaseなど)などがあり、6塩基以上の配列を検索可能です。（検索可能なデータベース一覧）
また、自社で保有しているデータベースを追加する事も可能です。（ご希望の場合、見積もりフォームにてカスタムインデックスを選択してください。）

提供形態

GGGenome 創薬基本パック
GGGenome本体＋検索用データ22種同梱
200万円 (税別)

ゲノム
（９種）
  • ヒト GRCh38/hg38
  • マウスゲノム GRCm38/mm10
  • カニクイザルゲノム macFas5
  • マーモセットゲノム WUGSC 3.2/calJac3
  • アカゲザルゲノム BCM Mmul_8.0.1/rheMac8
  • ラットゲノム RGSC 6.0/rn6
  • ウサギゲノム Broad/oryCun2
  • ブタゲノム SGSC Sscrofa11.1/susScr11
  • イヌゲノム Broad CanFam3.1/CanFam3
Pre-mRNA
（４種）
  • ヒト 理研 D3G unspliced mRNA
  • マウス 理研 D3G unspliced mRNA
  • カニクイザル 理研 D3G unspliced mRNA
  • マーモセット 理研 D3G unspliced mRNA
mRNA
（９種）
  • ヒト RefSeq RNA
  • マウス RefSeq RNA
  • カニクイザル RefSeq RNA
  • マーモセット RefSeq RNA
  • アカゲザル RefSeq RNA
  • ラット RefSeq RNA
  • ウサギ RefSeq RNA
  • ブタ RefSeq RNA
  • イヌ RefSeq RNA
mRNA
（９種）
  • ヒト RefSeq RNA
  • マウス RefSeq RNA
  • カニクイザル RefSeq RNA
  • マーモセット RefSeq RNA
  • アカゲザル RefSeq RNA
  • ラット RefSeq RNA
  • ウサギ RefSeq RNA
  • ブタ RefSeq RNA
  • イヌ RefSeq RNA
※１ AMEDゲノム創薬基盤推進研究事業「核酸医薬創薬に資する霊長類RNAデータベースの構築（代表:理研・河合純先生）」による

GGGenome COVID-19パック
GGGenome本体＋検索用データ同梱
200万円 (税別)

交差性解析用データ
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (7 CoV + 32 organisms in WHO EUL),
    NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種 ＋ その他の生物種32種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic primers (7 CoV + 20 organisms in US EUA), NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種 ＋ その他の生物種20種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (7 CoV), NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (5 beta-CoV), NIHS 2020/5/1 βコロナウィルス5種
新型コロナウイルス横断データ
  • SARS-CoV-2 complete genomes, GenBank 2020/5/29 新型コロナウィルス3717種
ヒト
  • GRCh38/hg38
  • 理研 D3G unspliced mRNA
  • RefSeq RNA
交差性解析用データ
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (7 CoV + 32 organisms in WHO EUL),
    NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種 ＋ その他の生物種32種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic primers (7 CoV + 20 organisms in US EUA), NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種 ＋ その他の生物種20種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (7 CoV), NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (5 beta-CoV), NIHS 2020/5/1 βコロナウィルス5種

・DBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベースを追加できます（オプション）
・独自の塩基配列データベースを追加することも可能です（オプション）

教育機関の皆様へ

アカデミックパッケージについて

教育機関および教職員と学生や生徒を対象にした特別価格でご購入いただけるアカデミックパッケージをご用意しております。
下記のリンクからお気軽にお問い合わせください。

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動作環境

Windowsの場合
  • Windows 10 Pro もしくは Windows 10 Enterprise, Windows 10 Educationの64bit版
  • Docker Desktop(2.2.0.5での動作を確認しております)
  • Hyper-Vの有効化(VMWareなどの仮想化ソフトと排他になる可能性があります)
  • メモリ: 16GB以上(Docker for Windowsに最低8GB以上割り当てる必要があります)

利用規約

ダウンロード

お見積り

※DBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベースや、独自の塩基配列データベースを追加することが可能です。

株式会社レトリバ

株式会社レトリバは「AI技術でコトバの森を活用し、企業の生産性向上に貢献する」をミッションとし、数多くのソフトウェアを提供しております。自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとしてコールセンターの問い合わせ分析、回答支援などを行うソリューションを提供しております。
東京都新宿区西新宿2-1-1　新宿三井ビルディング36階
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