超高速ゲノム配列検索
GGGenome パッケージ版

ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）の公開するウェブ版GGGenomeと同様の結果を自社内のコンピュータ上で得ることができるパッケージを提供


  • 核酸医薬品やゲノム編集などのオフターゲット候補サイトの検索に最適！
  • ミスマッチや挿入欠失を含む短い塩基配列を高速に漏れなく検索！
  • デスクトップPC上で高速動作 Windows/Mac/Linuxに
    対応！
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GGGenome 創薬基本パック 2021年版
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GGGenome COVID-19パック発売！

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特長

１
あいまい配列検索
GGGenomeは塩基配列を高速に検索するツールで、ミスマッチ/ギャップを含む検索や、N (any), R (A or G), Y (C or T) 等のあいまいな塩基を含む配列を検索を実行可能です。
２
多くのデータベースを利用可能
検索できるデータベースは、ゲノム(350以上の生物種に対応)、転写産物(RefSeq、GENCODE、miRBaseなど)などがあり、6塩基以上の配列を検索可能です。（検索可能なデータベース一覧）
また、自社で保有しているデータベースを追加する事も可能です。（ご希望の場合、見積もりフォームにてカスタムインデックスを選択してください。）
３
検索支援スクリプト(Bioret tool）
ゲノム配列検索一括実行や、情報の補完処理を行うスクリプトをご用意しております。
※本スクリプトは製品保証対象外となります
４
国内の医薬品承認審査での実績あり
国内で承認された核酸医薬品2品目の承認審査において、当該品目の安全性評価にGGGenomeによるオフターゲット候補サイトの検索が貢献しました。
1) 医薬品医療機器総合機構,「オンパットロ点滴静注2mg/mL」審査報告書 (2019)
2) 医薬品医療機器総合機構,「ビルテプソ点滴静注250mg」審査報告書 (2020)
２
多くのデータベースを利用可能
検索できるデータベースは、ゲノム(350以上の生物種に対応)、転写産物(RefSeq、GENCODE、miRBaseなど)などがあり、6塩基以上の配列を検索可能です。（検索可能なデータベース一覧）
また、自社で保有しているデータベースを追加する事も可能です。（ご希望の場合、見積もりフォームにてカスタムインデックスを選択してください。）

提供形態

GGGenome 創薬基本パック
GGGenome本体＋検索用データ（22種、37データベース同梱）
200万円 (税別)

ゲノム
（９種）
（１２データベース）
  • ヒト GRCh38/hg38 , hg19
  • マウスゲノム GRCm38/mm10
  • カニクイザルゲノム macFas5 ,  macFasRKS1912
  • マーモセットゲノム WUGSC 3.2/calJac3 , calJacRKC1912 
  • アカゲザルゲノム BCM Mmul_8.0.1/rheMac8
  • ラットゲノム RGSC 6.0/rn6
  • ウサギゲノム Broad/oryCun2
  • ブタゲノム SGSC Sscrofa11.1/susScr11
  • イヌゲノム Broad CanFam3.1/CanFam3
Pre-mRNA
（４種）
（１６データベース）
  • ヒト 理研 D3G hg38 spliced , pre-spliced ,
    　ProtCoding_spliced , ProtCoding_pre-spliced
  • マウス 理研 D3G  mm10 spliced ,
    　pre-spliced , ProtCoding_spliced , ProtCoding_pre-spliced
  • カニクイザル 理研 D3G macFasRKS1912  spliced ,
    　pre-spliced , ProtCoding_spliced , ProtCoding_pre-spliced
  • マーモセット 理研 D3G calJacRKC1912  spliced ,
    　pre-spliced , ProtCoding_spliced , ProtCoding_pre-spliced
mRNA
（９種）
（９データベース）
  • ヒト RefSeq RNA
  • マウス RefSeq RNA
  • カニクイザル RefSeq RNA
  • マーモセット RefSeq RNA
  • アカゲザル RefSeq RNA
  • ラット RefSeq RNA
  • ウサギ RefSeq RNA
  • ブタ RefSeq RNA
  • イヌ RefSeq RNA
mRNA
（９種）
（９データベース）
  • ヒト RefSeq RNA
  • マウス RefSeq RNA
  • カニクイザル RefSeq RNA
  • マーモセット RefSeq RNA
  • アカゲザル RefSeq RNA
  • ラット RefSeq RNA
  • ウサギ RefSeq RNA
  • ブタ RefSeq RNA
  • イヌ RefSeq RNA
※１ AMEDゲノム創薬基盤推進研究事業「核酸医薬創薬に資する霊長類RNAデータベースの構築（代表:理研・河合純先生）」による

GGGenome COVID-19パック
GGGenome本体＋検索用データ同梱
200万円 (税別)

交差性解析用データ
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (7 CoV + 32 organisms in WHO EUL),
    NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種 ＋ その他の生物種32種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic primers (7 CoV + 20 organisms in US EUA), NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種 ＋ その他の生物種20種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (7 CoV), NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (5 beta-CoV), NIHS 2020/5/1 βコロナウィルス5種
新型コロナウイルス横断データ
  • SARS-CoV-2 complete genomes, GenBank 2020/5/29 新型コロナウィルス3717種
ヒト
  • GRCh38/hg38
  • 理研 D3G unspliced mRNA
  • RefSeq RNA
交差性解析用データ
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (7 CoV + 32 organisms in WHO EUL),
    NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種 ＋ その他の生物種32種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic primers (7 CoV + 20 organisms in US EUA), NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種 ＋ その他の生物種20種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (7 CoV), NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (5 beta-CoV), NIHS 2020/5/1 βコロナウィルス5種

・DBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベースを追加できます（オプション）
・独自の塩基配列データベースを追加することも可能です（オプション）

GGGenome 創薬基本パック　2021年版
（2021年4月提供開始予定）
GGGenome本体＋検索用データ（22種、37データベース同梱）
200万円 (税別)

ゲノム
（９種）
（１２データベース）
  • ヒト GRCh38/hg38 , hg19
  • マウスゲノム GRCm38/mm10
  • カニクイザルゲノム macFas5 ,  macFasRKS1912
  • マーモセットゲノム WUGSC 3.2/calJac3 , calJacRKC1912 
  • アカゲザルゲノム BCM Mmul_8.0.1/rheMac8
  • ラットゲノム RGSC 6.0/rn6
  • ウサギゲノム Broad/oryCun2
  • ブタゲノム SGSC Sscrofa11.1/susScr11
  • イヌゲノム Broad CanFam3.1/CanFam3
Pre-mRNA
（４種）
（１６データベース）
  • ヒト 理研 D3G hg38 spliced ,
    　pre-spliced , ProtCoding_spliced , ProtCoding_pre-spliced　2021年の最新版
  • マウス 理研 D3G  mm10 spliced ,
    　pre-spliced , ProtCoding_spliced , ProtCoding_pre-spliced　2021年の最新版
  • カニクイザル 理研 D3G macFasRKS1912  spliced ,
    　pre-spliced , ProtCoding_spliced , ProtCoding_pre-spliced　2021年の最新版
  • マーモセット 理研 D3G calJacRKC1912  spliced ,
    　pre-spliced , ProtCoding_spliced , ProtCoding_pre-spliced　2021年の最新版
mRNA
（９種）
（９データベース）
  • ヒト RefSeq RNA　2021年の最新版
  • マウス RefSeq RNA　2021年の最新版
  • カニクイザル RefSeq RNA　2021年の最新版
  • マーモセット RefSeq RNA　2021年の最新版
  • アカゲザル RefSeq RNA　2021年の最新版
  • ラット RefSeq RNA　2021年の最新版
  • ウサギ RefSeq RNA　2021年の最新版
  • ブタ RefSeq RNA　2021年の最新版
  • イヌ RefSeq RNA　2021年の最新版
追加機能 注目遺伝子ハイライト機能

　パッケージ版GGGenomeでは着目している遺伝子群を指定し、該当検索結果をハイライトする機能、また、該当遺伝子の結果のみに絞り混むハイライト機能を提供します。
　※注目遺伝子ハイライト機能にけるGeneSymbolは、元データ(fastaファイル)に記録されているメタ情報のみを利用しています。そのため、名前の変わったGeneSymbolや別名(synonym)には対応していません。
mRNA
（９種）
（９データベース）
  • ヒト RefSeq RNA　2021年の最新版
  • マウス RefSeq RNA　2021年の最新版
  • カニクイザル RefSeq RNA　2021年の最新版
  • マーモセット RefSeq RNA　2021年の最新版
  • アカゲザル RefSeq RNA　2021年の最新版
  • ラット RefSeq RNA　2021年の最新版
  • ウサギ RefSeq RNA　2021年の最新版
  • ブタ RefSeq RNA　2021年の最新版
  • イヌ RefSeq RNA　2021年の最新版

教育機関の皆様へ

アカデミックパッケージについて

教育機関および教職員と学生や生徒を対象にした特別価格でご購入いただけるアカデミックパッケージをご用意しております。
下記のリンクからお気軽にお問い合わせください。

お見積り

検索支援スクリプト（Bioret tool）

パッケージ版GGGenomeはGGGenomeの補助機能としてBioret toolというツールを提供しています。


Bioret toolでは「Spliced DBの検索」および「単一DBの検索」の二つの検索機能を提供します。
検索はGGGenomeと同一のものを使い、GGGenomeのcsv形式を元にした出力をします。
・incカラム (Spliced DBの検索/単一DBの検索)
・一括検索機能 (Spliced DBの検索/単一DBの検索)
・マージ機能 (Spliced DBの検索)
・重複削除機能 (Spliced DBの検索)
・横断検索機能 (単一DBの検索)
・実行履歴

動作環境

Windowsの場合
  • Windows 10 Pro もしくは Windows 10 Enterprise, Windows 10 Educationの64bit版
  • Docker Desktop(2.2.0.5での動作を確認しております)
  • Hyper-Vの有効化(VMWareなどの仮想化ソフトと排他になる可能性があります)
  • メモリ: 16GB以上(Docker for Windowsに最低8GB以上割り当てる必要があります)

よくある質問


Q
GGGenomeのウェブ版とパッケージ版の違いを教えてください。
A
GGGenomeのウェブ版とパッケージ版の違いは次のとおりです。
・クエリ塩基配列の秘匿性
・検索許容誤差の緩和
・APIからのの検索制限緩和
・検索タイムアウト時間の緩和
・便利ツールの利用（β版）
　ゲノム配列検索一括実行機能、ゲノム配列連続検索機能、Unspliced、splicedマージ機能、、Spliced DBの検索、単一DBの検索
Q
GGGenomeの使用範囲について教えてください。
A
製品本体（USB）を任意の端末に接続し、その接続端末上で使用することができます。同時利用は1端末1名を前提としています。また、本体（USB）を別の端末へ差し替えることや別の担当者が使用することも可能です。
Q
GGGenomeを利用した出力結果の扱いについて教えてください。
A
製品を利用して出力した検索結果等に関して、弊社が知的財産権を主張することはありません。 医薬品の申請資料等に本製品で得られた結果を使用することも可能です。但し、検索結果について保証するものではございません。
Q
GGGenomeに入力した検索配列は、ログに蓄積されますか？
A
検索する配列は一時的にシステム上に保持されますが、USBメモリの中には保存されません。システムを停止すると共に保持された情報は削除されます。
Q
GGGenomeの創薬基本パックに含まれるデータベース以外を追加したいのですが可能でしょうか？
A
GGGenomeのオプションでDBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベースを追加できます。https://gggenome.dbcls.jp/ja/help.html#db_list 追加には別途費用が必要です。お見積もり時にご指定ください。 発注後に追加の場合は、センドバックで対応します。
Q
GGGenomeに独自の塩基配列データベースを追加することは可能でしょうか？
A
GGGenomeオプションのカスタムインデックスとして、独自の塩基配列データベースを追加するこができます。追加には別途費用が必要です。お見積もり時にご指定ください。 納品後に追加の場合はセンドバックで対応します。
Q
GGGenomeオプションのカスタムインデックスについて、利用規約の適用範囲に含まれますか？
A
カスタムインデックスとは、お客様からお預かりする塩基配列データベースとなります。 そのため製品に含まれる塩基配列データベースとは異なり、利用規約の適用外になります。
Q
GGGenomeの更新は可能でしょうか？
A
Web版と検索結果が同一になるように、検索プログラムや検索データベースの整合性を取ってパッケージングを行なっております。そのため、GGGenomeの更新はおこなわず、買い増しを前提としたご提供形態としております。 つきましては、データベース等の更新をお求めの場合は、GGGenomeの創薬基本パックの最新バージョン（20xx年度版）を購入ください。
Q
GGGenomeの使用範囲について教えてください。
A
製品本体（USB）を任意の端末に接続し、その接続端末上で使用することができます。同時利用は1端末1名を前提としています。また、本体（USB）を別の端末へ差し替えることや別の担当者が使用することも可能です。

利用規約

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※DBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベースや、独自の塩基配列データベースを追加することが可能です。

株式会社レトリバ

株式会社レトリバは「AI技術でコトバの森を活用し、企業の生産性向上に貢献する」をミッションとし、数多くのソフトウェアを提供しております。自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとしてコールセンターの問い合わせ分析、回答支援などを行うソリューションを提供しております。
東京都新宿区西新宿2-1-1　新宿三井ビルディング36階
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