超高速ゲノム配列検索 GGGenome | 株式会社レトリバ

超高速ゲノム配列検索
GGGenome パッケージ版

ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）の公開するウェブ版GGGenomeと同様の結果を自社内のコンピュータ上で得ることができるパッケージを提供

核酸医薬品やゲノム編集などのオフターゲット候補サイトの検索に最適！
ミスマッチや挿入欠失を含む短い塩基配列を高速に漏れなく検索！
デスクトップPC上で高速動作 Windows/Mac/Linuxに対応！

デモ動画

特長

GGGenomeは塩基配列を高速に検索するツールで、ミスマッチ/ギャップを含む検索や、N (any), R (A or G), Y (C or T) 等のあいまいな塩基を含む配列を検索を実行可能です。

検索できるデータベースは、ゲノム(350以上の生物種に対応)、転写産物(RefSeq、GENCODE、miRBaseなど)などがあり、6塩基以上の配列を検索可能です。（検索可能なデータベース一覧）
また、自社で保有しているデータベースを追加する事も可能です。（ご希望の場合、見積もりフォームにてカスタムインデックスを選択してください。）

ゲノム配列検索一括実行や、情報の補完処理を行うスクリプトをご用意しております。
※本スクリプトは製品保証対象外となります

検索できるデータベースは、ゲノム(350以上の生物種に対応)、転写産物(RefSeq、GENCODE、miRBaseなど)などがあり、6塩基以上の配列を検索可能です。（検索可能なデータベース一覧）
また、自社で保有しているデータベースを追加する事も可能です。（ご希望の場合、見積もりフォームにてカスタムインデックスを選択してください。）

提供形態

GGGenome 創薬基本パック
GGGenome本体＋検索用データ22種同梱
200万円 (税別)→ 20本限定特別価格 98万円(税別) 　2020年3月末迄

ゲノム（９種）	ヒトGRCh38/hg38 マウスゲノム GRCm38/mm10 カニクイザルゲノム macFas5 マーモセットゲノム WUGSC 3.2/calJac3 アカゲザルゲノム BCM Mmul_8.0.1/rheMac8 ラットゲノム RGSC 6.0/rn6 ウサギゲノム Broad/oryCun2 ブタゲノム SGSC Sscrofa11.1/susScr11 イヌゲノム Broad CanFam3.1/CanFam3
Pre-mRNA （４種）	ヒト理研 D3G unspliced mRNA ※1（準備中）マウス理研 D3G unspliced mRNA ※1（準備中）カニクイザル理研 D3G unspliced mRNA ※1（準備中）マーモセット理研 D3G unspliced mRNA ※1（準備中）
mRNA （９種）	ヒト RefSeq RNA マウス RefSeq RNA カニクイザル RefSeq RNA マーモセット RefSeq RNA アカゲザル RefSeq RNA ラット RefSeq RNA ウサギ RefSeq RNA ブタ RefSeq RNA イヌ RefSeq RNA
mRNA （９種）	ヒト RefSeq RNA マウス RefSeq RNA カニクイザル RefSeq RNA マーモセット RefSeq RNA アカゲザル RefSeq RNA ラット RefSeq RNA ウサギ RefSeq RNA ブタ RefSeq RNA イヌ RefSeq RNA

※１ AMEDゲノム創薬基盤推進研究事業「核酸医薬創薬に資する霊長類RNAデータベースの構築（代表:理研・河合純先生）」による

上記の「創薬基本パック」に加え、
・DBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベースを追加できます（オプション）
・独自の塩基配列データベースを追加することも可能です（オプション）

※創薬基本パック以外のパッケージも計画中です。

動作環境

Windowsの場合

Windows 10 Pro もしくは Windows 10 Enterprise, Windows 10 Educationの64bit版
Docker Desktop(2.2.0.4での動作を確認しております)
Hyper-Vの有効化(VMWareなどの仮想化ソフトと排他になる可能性があります)
メモリ: 8GB以上(Docker for Windowsに最低4GB以上割り当てる必要があります)

利用規約

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