超高速ゲノム配列検索
GGGenome パッケージ版

ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)の公開するウェブ版GGGenomeと同様の結果を自社内のコンピュータ上で得ることができるパッケージを提供


  • 核酸医薬品やゲノム編集などのオフターゲット候補サイトの検索に最適!
  • ミスマッチや挿入欠失を含む短い塩基配列を高速に漏れなく検索!
  • デスクトップPC上で高速動作 Windows/Mac/Linuxに対応!

デモ動画

特長

あいまい配列検索
GGGenomeは塩基配列を高速に検索するツールで、ミスマッチ/ギャップを含む検索や、N (any), R (A or G), Y (C or T) 等のあいまいな塩基を含む配列を検索を実行可能です。
多くのデータベースを利用可能
検索できるデータベースは、ゲノム(350以上の生物種に対応)、転写産物(RefSeq、GENCODE、miRBaseなど)などがあり、6塩基以上の配列を検索可能です。(検索可能なデータベース一覧
また、自社で保有しているデータベースを追加する事も可能です。(ご希望の場合、見積もりフォームにてカスタムインデックスを選択してください。)
検索支援スクリプト
ゲノム配列検索一括実行や、情報の補完処理を行うスクリプトをご用意しております。
※本スクリプトは製品保証対象外となります
多くのデータベースを利用可能
検索できるデータベースは、ゲノム(350以上の生物種に対応)、転写産物(RefSeq、GENCODE、miRBaseなど)などがあり、6塩基以上の配列を検索可能です。(検索可能なデータベース一覧
また、自社で保有しているデータベースを追加する事も可能です。(ご希望の場合、見積もりフォームにてカスタムインデックスを選択してください。)

提供形態

GGGenome 創薬基本パック
GGGenome本体+検索用データ22種同梱
200万円 (税別)→ 20本限定 特別価格 98万円(税別)  2020年3月末迄

ゲノム
(9種)
  • ヒトGRCh38/hg38
  • マウスゲノム GRCm38/mm10
  • カニクイザルゲノム macFas5
  • マーモセットゲノム WUGSC 3.2/calJac3
  • アカゲザルゲノム BCM Mmul_8.0.1/rheMac8
  • ラットゲノム RGSC 6.0/rn6
  • ウサギゲノム Broad/oryCun2
  • ブタゲノム SGSC Sscrofa11.1/susScr11
  • イヌゲノム Broad CanFam3.1/CanFam3
Pre-mRNA
(4種)
  • ヒト 理研 D3G unspliced mRNA ※1(準備中)
  • マウス 理研 D3G unspliced mRNA ※1(準備中)
  • カニクイザル 理研 D3G unspliced mRNA ※1(準備中)
  • マーモセット 理研 D3G unspliced mRNA ※1(準備中)
mRNA
(9種)
  • ヒト RefSeq RNA
  • マウス RefSeq RNA
  • カニクイザル RefSeq RNA
  • マーモセット RefSeq RNA
  • アカゲザル RefSeq RNA
  • ラット RefSeq RNA
  • ウサギ RefSeq RNA
  • ブタ RefSeq RNA
  • イヌ RefSeq RNA
mRNA
(9種)
  • ヒト RefSeq RNA
  • マウス RefSeq RNA
  • カニクイザル RefSeq RNA
  • マーモセット RefSeq RNA
  • アカゲザル RefSeq RNA
  • ラット RefSeq RNA
  • ウサギ RefSeq RNA
  • ブタ RefSeq RNA
  • イヌ RefSeq RNA
※1 AMEDゲノム創薬基盤推進研究事業「核酸医薬創薬に資する霊長類RNAデータベースの構築(代表:理研・河合純先生)」による

上記の「創薬基本パック」に加
・DBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベースを追加できます(オプション)
・独自の塩基配列データベースを追加することも可能です(オプション)

※創薬基本パック以外のパッケージも計画中です。

動作環境

Windowsの場合
  • Windows 10 Pro もしくは Windows 10 Enterprise, Windows 10 Educationの64bit版
  • Docker Desktop(2.2.0.4での動作を確認しております)
  • Hyper-Vの有効化(VMWareなどの仮想化ソフトと排他になる可能性があります)
  • メモリ: 8GB以上(Docker for Windowsに最低4GB以上割り当てる必要があります)

利用規約

お見積り

ご依頼の内容を確認次第、弊社担当よりご連絡させていただきます。
プライバシーポリシーに同意の上、送信してください。

※DBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベース や、独自の塩基配列データベースを追加することが可能です。

フォームから送信された内容はマイページの「フォーム」ボタンから確認できます。
送信

株式会社レトリバ

株式会社レトリバは「お客様の課題を最先端の技術で解決する」をミッションとし、数多くのソフトウェアを提供しております。自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとしてコールセンターの問い合わせ分析、回答支援などを行うソリューションを提供しております。
東京都新宿区西新宿2-1-1 新宿三井ビルディング36階
info_bio@retrieva.jp