高速塩基配列検索
GGGenomeパッケージ版

  • ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)の公開するウェブ版GGGenomeと同様の検索がオフラインで可能
  • 検索支援スクリプトで複数塩基配列を同時検索、データベース横断検索が可能
  • 注目遺伝子ハイライト機能で重要な遺伝子がすぐわかる
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GGGenome 創薬基本パック 2023年版販売開始

  • アカゲサルとウサギのゲノムおよび転写産物情報を含むD3Gデータベースが追加されました。そのほかの生物種もRefSeq、D3Gともに最新のデータにアップデートいたしました。

  • タイムアウトの制限を緩和し、検索機能を向上させました。
  • 検索結果のサマリをUI画面で確認できるとともに、csv形式で出力できるようになりました。
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特徴

Web版の検索をオフラインで実現
  • Web版と同様に高速であいまい配列検索、挿入欠失を含む検索が可能です。
  • 国内の医薬品承認審査での実績もあります。
  1. 医薬品医療機器総合機構,「オンパットロ点滴静注2mg/mL」審査報告書 (2019)
  2. 医薬品医療機器総合機構,「ビルテプソ点滴静注250mg」審査報告書 (2020)
  3. 医薬品医療機器総合機構, 「アムヴトラ皮下注25mgシリンジ」審査結果報告書（2022）
検索支援機能
  • 複数の塩基配列を同時に検索したり、データベースを横断して検索することができます。
  • unpliced RNAとspliced RNAの検索結果を一つにまとめて出力できます。
  • 検索結果のサマリを表示、CSV形式で出力できます。
  • 各々の検索結果はCSV形式で出力されます。
注目遺伝子ハイライト機能
  • 検索結果で注目したい遺伝子をハイライト表示させることができます。
  • 検索結果を該当遺伝子のみに絞り込むこともできます。
  • ハイライト遺伝子の検索結果は出力ファイルでも確認できます。
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同梱データベース

GGGenome 創薬基本パック　2023年版
検索用データ（生物種9種、ゲノム 12、RNA 29 データベース）
D3G / RefSeq は全て2023年の最新版

※D3GはAMEDゲノム創薬基盤推進研究事業河合班（2017～2022年度）において構築され、現在は川路班「ゲノム情報を活用した新規創薬ターゲットの探索等の基盤整備に関する研究」（2023年度～）により維持されています。核酸医薬の創薬と薬事で広く用いられており、GGGenome ウェブ版からも検索できます。

共通オプション

  • オプションデータベース：DBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベースを追加できます
  • カスタムデータベース：独自の塩基配列データベースを追加することも可能です
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動作環境

  • 本製品は64bit版Windowsに対応しています。
  • Windows 11 Pro version 21H2 以上、もしくはEnterprise / Education version 21H2 以上
  • Windows 10 Pro 21H1　以上、もしくは Enterprise / Education 20H2 以上
  • Hyper-Vの有効化(VMWareなどの仮想化ソフトと排他になる可能性があります)
  • メモリ: 8GB以上 (Docker for Windowsに最低4GB以上割り当てる必要があります)
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インタビュー / 導入事例

GGGenomeの開発者であるDBCLSの内藤雄樹特任助教へ開発の背景や思い、GGGenome によってライフサイエンス研究の未来がどうなるのかをインタビューいたしました。
「核酸医薬品のオフターゲット効果の評価」受託試験の評価メニューの一つであるin silico解析に、レトリバの提供するGGGenomeパッケージ版を導入していただいております。
「核酸医薬品のオフターゲット効果の評価」受託試験の評価メニューの一つであるin silico解析に、レトリバの提供するGGGenomeパッケージ版を導入していただいております。
人工核酸スクリーニングプロジェクトにおいてアンチセンス核酸のオフターゲットリスク評価にGGGenomeパッケージ版を導入していただいております。
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実際の公開ページでは回答部分が閉じた状態で表示されます。


よくある質問

  • ウェブ版とパッケージ版の違いを教えてください。

    GGGenomeのウェブ版とパッケージ版の違いは次のとおりです。
    ・クエリ塩基配列の秘匿性
    ・検索許容誤差の緩和
    ・APIからのの検索制限緩和
    ・検索タイムアウト時間の緩和
    ・便利ツールの利用
    　ゲノム配列検索一括実行機能、ゲノム配列連続検索機能、Unspliced・splicedマージ機能、Spliced DBの検索、単一DBの検索
    ・注目遺伝子ハイライト表示機能

  • 使用範囲について教えてください。

    製品本体（USB）を任意の端末に接続し、その接続端末上で使用することができます。同時利用は1端末1名を前提としています。また、本体（USB）を別の端末へ差し替えることや別の担当者が使用することも可能です。

  • 利用した出力結果の扱いについて教えてください。

    製品を利用して出力した検索結果等に関して、弊社が知的財産権を主張することはありません。 医薬品の申請資料等に本製品で得られた結果を使用することも可能です。但し、検索結果について保証するものではございません。

  • 入力した検索配列は、ログに蓄積されますか？

    検索する配列は一時的にシステム上に保持されますが、USBメモリの中には保存されません。システムを停止すると共に保持された情報は削除されます。

  • 創薬基本パックに含まれるデータベース以外を追加したいのですが可能でしょうか？

    GGGenomeのオプションでDBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベース（https://gggenome.dbcls.jp/ja/help.html#db_list）をオプションデータベースとして追加できます。
    追加には別途費用が必要です。お見積もり時にご指定ください。 発注後に追加の場合は、センドバックで対応します。

  • 独自の塩基配列データベースを追加することは可能でしょうか？

    GGGenomeオプションのカスタムデータベースとして、独自の塩基配列データベースを追加するこができます。追加には別途費用が必要です。お見積もり時にご指定ください。 納品後に追加の場合はセンドバックで対応します。

  • 更新は可能でしょうか？

    Web版と検索結果が同一になるように、検索プログラムや検索データベースの整合性を取ってパッケージングを行なっております。そのため、GGGenomeの更新はおこなわず、買い増しを前提としたご提供形態としております。 つきましては、データベース等の更新をお求めの場合は、GGGenomeの創薬基本パックの最新バージョン（2023年度版）を購入ください。

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    ここをクリックして表示したいテキストを入力してください。テキストは「右寄せ」「中央寄せ」「左寄せ」といった整列方向、「太字」「斜体」「下線」「取り消し線」、「文字サイズ」「文字色」「文字の背景色」など細かく編集することができます。



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