超高速ゲノム配列検索
GGGenome パッケージ版

ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）の公開するウェブ版GGGenomeと同様の結果を自社内のコンピュータ上で得ることができるパッケージを提供


  • 核酸医薬品やゲノム編集などのオフターゲット候補サイトの検索に最適！
  • ミスマッチや挿入欠失を含む短い塩基配列を高速に漏れなく検索！
  • デスクトップPC上で高速動作 Windows/Mac/Linuxに対応！
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GGGenome COVID-19パック発売！

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デモ動画

特長

１
あいまい配列検索
GGGenomeは塩基配列を高速に検索するツールで、ミスマッチ/ギャップを含む検索や、N (any), R (A or G), Y (C or T) 等のあいまいな塩基を含む配列を検索を実行可能です。
２
多くのデータベースを利用可能
検索できるデータベースは、ゲノム(350以上の生物種に対応)、転写産物(RefSeq、GENCODE、miRBaseなど)などがあり、6塩基以上の配列を検索可能です。（検索可能なデータベース一覧）
また、自社で保有しているデータベースを追加する事も可能です。（ご希望の場合、見積もりフォームにてカスタムインデックスを選択してください。）
３
検索支援スクリプト
ゲノム配列検索一括実行や、情報の補完処理を行うスクリプトをご用意しております。
※本スクリプトは製品保証対象外となります
２
多くのデータベースを利用可能
検索できるデータベースは、ゲノム(350以上の生物種に対応)、転写産物(RefSeq、GENCODE、miRBaseなど)などがあり、6塩基以上の配列を検索可能です。（検索可能なデータベース一覧）
また、自社で保有しているデータベースを追加する事も可能です。（ご希望の場合、見積もりフォームにてカスタムインデックスを選択してください。）

提供形態

GGGenome 創薬基本パック
GGGenome本体＋検索用データ22種同梱
200万円 (税別)

ゲノム
（９種）
  • ヒト GRCh38/hg38
  • マウスゲノム GRCm38/mm10
  • カニクイザルゲノム macFas5
  • マーモセットゲノム WUGSC 3.2/calJac3
  • アカゲザルゲノム BCM Mmul_8.0.1/rheMac8
  • ラットゲノム RGSC 6.0/rn6
  • ウサギゲノム Broad/oryCun2
  • ブタゲノム SGSC Sscrofa11.1/susScr11
  • イヌゲノム Broad CanFam3.1/CanFam3
Pre-mRNA
（４種）
  • ヒト 理研 D3G unspliced mRNA
  • マウス 理研 D3G unspliced mRNA
  • カニクイザル 理研 D3G unspliced mRNA
  • マーモセット 理研 D3G unspliced mRNA
mRNA
（９種）
  • ヒト RefSeq RNA
  • マウス RefSeq RNA
  • カニクイザル RefSeq RNA
  • マーモセット RefSeq RNA
  • アカゲザル RefSeq RNA
  • ラット RefSeq RNA
  • ウサギ RefSeq RNA
  • ブタ RefSeq RNA
  • イヌ RefSeq RNA
mRNA
（９種）
  • ヒト RefSeq RNA
  • マウス RefSeq RNA
  • カニクイザル RefSeq RNA
  • マーモセット RefSeq RNA
  • アカゲザル RefSeq RNA
  • ラット RefSeq RNA
  • ウサギ RefSeq RNA
  • ブタ RefSeq RNA
  • イヌ RefSeq RNA
※１ AMEDゲノム創薬基盤推進研究事業「核酸医薬創薬に資する霊長類RNAデータベースの構築（代表:理研・河合純先生）」による

GGGenome COVID-19パック
GGGenome本体＋検索用データ同梱
200万円 (税別)

交差性解析用データ
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (7 CoV + 32 organisms in WHO EUL),
    NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種 ＋ その他の生物種32種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic primers (7 CoV + 20 organisms in US EUA), NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種 ＋ その他の生物種20種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (7 CoV), NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (5 beta-CoV), NIHS 2020/5/1 βコロナウィルス5種
新型コロナウイルス横断データ
  • SARS-CoV-2 complete genomes, GenBank 2020/5/29 新型コロナウィルス3717種
ヒト
  • GRCh38/hg38
  • 理研 D3G unspliced mRNA
  • RefSeq RNA
交差性解析用データ
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (7 CoV + 32 organisms in WHO EUL),
    NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種 ＋ その他の生物種32種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic primers (7 CoV + 20 organisms in US EUA), NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種 ＋ その他の生物種20種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (7 CoV), NIHS 2020/5/1 コロナウィルス7種
  • Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic
    primers (5 beta-CoV), NIHS 2020/5/1 βコロナウィルス5種

・DBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベースを追加できます（オプション）
・独自の塩基配列データベースを追加することも可能です（オプション）

動作環境

Windowsの場合
  • Windows 10 Pro もしくは Windows 10 Enterprise, Windows 10 Educationの64bit版
  • Docker Desktop(2.2.0.5での動作を確認しております)
  • Hyper-Vの有効化(VMWareなどの仮想化ソフトと排他になる可能性があります)
  • メモリ: 8GB以上(Docker for Windowsに最低4GB以上割り当てる必要があります)

利用規約

ダウンロード

お見積り

※DBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベースや、独自の塩基配列データベースを追加することが可能です。

株式会社レトリバ

株式会社レトリバは「AI技術でコトバの森を活用し、企業の生産性向上に貢献する」をミッションとし、数多くのソフトウェアを提供しております。自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとしてコールセンターの問い合わせ分析、回答支援などを行うソリューションを提供しております。
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