実際のスライダーの動きは、プレビュー/公開ページでご確認ください

核酸医薬品の安全性評価に最適な
正確で漏れがなく高速な類似配列検索をオフラインで実現

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核酸医薬品の創薬開発期間の短縮を目指した
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GGGenomeの特徴

短い塩基配列を高速に検索

核酸医薬品は20塩基前後と短い配列が多いので、安全性評価を効率的に行えます。

正確なミスマッチ・インデル・あいまい検索

核酸医薬品の安全性評価で必須の検索を正確かつ簡単に行えます。

核酸医薬品の安全性評価における信頼と実績

核酸医薬品の承認申請において、信頼のある検索結果としてご利用いただけます。

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オフラインで検索可能​

USB（SSD）で動作するため、外部に秘匿情報が漏れることはありません。​

検索制限の緩和​

サーバーへの負担を考慮した検索制限を緩和しているので、効率的に検索を行なえます。​

注目遺伝子​ハイライト機能​

膨大な検索結果から重要なものだけ簡単に抽出することができます​。

検索支援スクリプトで簡単に一括検索​

複数の検索を一括に行うなどの操作を、UI画面から行えるのでだれでも効率的に検索できます​。

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同梱データベース

GGGenome 創薬基本パック　2024年版
検索用データ（生物種9種、39データベース）
D3G / RefSeq は全て最新版

※D3GはAMEDゲノム創薬基盤推進研究事業河合班（2017～2022年度）において構築され、現在は川路班「ゲノム情報を活用した新規創薬ターゲットの探索等の基盤整備に関する研究」（2023年度～）により維持されています。核酸医薬の創薬と薬事で広く用いられており、GGGenome ウェブ版からも検索できます。

共通オプション

  • オプションデータベース：DBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベースを追加できます
  • カスタムデータベース：独自の塩基配列データベースを追加することも可能です
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動作環境

  • 本製品は64bit版Windowsに対応しています。
  • Windows 11 Pro version 21H2 以上、もしくはEnterprise / Education version 21H2 以上
  • Windows 10 Pro 21H1　以上、もしくは Enterprise / Education 20H2 以上
  • Hyper-Vの有効化(VMWareなどの仮想化ソフトと排他になる可能性があります)
  • メモリ: 8GB以上 (Docker for Windowsに最低4GB以上割り当てる必要があります)
  • ここをクリックして表示したいテキストを入力してください。



インタビュー / 導入事例

内藤雄樹特任助教 / DBCLS
GGGenomeの開発者であるDBCLSの内藤雄樹特任助教へ開発の背景や思い、GGGenome によってライフサイエンス研究の未来がどうなるのかをインタビューいたしました。
一般財団法人化学物質評価研究機構(CERI)
「核酸医薬品のオフターゲット効果の評価」受託試験の評価メニューの一つであるin silico解析に、レトリバの提供する「GGGenomeパッケージ版」を導入していただいております。
プラチナバイオ株式会社(PtBio Inc.)
2023年の正式ローンチを目指し開発しているゲノム編集支援オープンプラットフォームにて提供する、安全性評価機能にレトリバの「GGGenomeパッケージ版」を導入していただいております。
国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所(NIBIOHN)
人工核酸スクリーニングプロジェクトにおいてアンチセンス核酸のオフターゲットリスク評価にGGGenomeパッケージ版を導入していただいております。
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よくある質問

  • 2024年版の更新内容を教えてください。

    GGGenome 2024年版では以下の機能が更新されています。。
    １．検索結果に遺伝子のメタ情報を表示
    　ヒットした配列が遺伝子のCDS領域なのか、UTR領域なのかを判別し、検索結果の絞り込みもできるため、siRNAのオフターゲット検索を効率よく行えます。
    ２．APIの修正、出力結果の変更
    　APIからもヒットした配列が遺伝子のCDS領域か、UTR領域化で絞り込みをできるようにし、CSV等の出力結果にもこれらの情報を追加しましたので、効率的にオフターゲット遺伝子を抽出できるようになりました。
    ３．ログのリッチ化・秘匿化
    　検索時のログをリッチにするとともに、機密情報となる検索クエリをマスクして出力することができるので、エラー等へのお客様への対応をスムーズに行うことができようになりました。

  • ウェブ版とパッケージ版の違いを教えてください。

    GGGenomeのウェブ版とパッケージ版の違いは次のとおりです。
    ・クエリ塩基配列の秘匿性
    ・検索許容誤差の緩和
    ・APIからのの検索制限緩和
    ・検索タイムアウト時間の緩和
    ・便利ツールの利用
    　ゲノム配列検索一括実行機能、ゲノム配列連続検索機能、Unspliced・splicedマージ機能、Spliced DBの検索、単一DBの検索
    ・注目遺伝子ハイライト表示機能
    ・遺伝子のメタ方法の表示・出力

  • 使用範囲について教えてください。

    製品本体（USB）を任意の端末に接続し、使用することができます。ユーザー数の制限等はございません。また、本体（USB）を別の端末へ差し替えることや別の担当者が使用することも可能です。

  • 利用した出力結果の扱いについて教えてください。

    製品を利用して出力した検索結果等に関して、弊社が知的財産権を主張することはありません。 医薬品の申請資料等に本製品で得られた結果を使用することも可能です。但し、検索結果について保証するものではございません。

  • 入力した検索配列は、ログに蓄積されますか？

    検索する配列は一時的にシステム上に保持されますが、USBメモリの中には保存されません。システムを停止すると共に保持された情報は削除されます。

  • 創薬基本パックに含まれるデータベース以外を追加したいのですが可能でしょうか？

    GGGenomeのオプションでDBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベース（https://gggenome.dbcls.jp/ja/help.html#db_list）をオプションデータベースとして追加できます。
    追加には別途費用が必要です。お見積もり時にご指定ください。 発注後に追加の場合は、センドバックで対応します。

  • 独自の塩基配列データベースを追加することは可能でしょうか？

    GGGenomeオプションのカスタムインデックスとして、独自の塩基配列データベースを追加するこができます。追加には別途費用が必要です。お見積もり時にご指定ください。 納品後に追加の場合はセンドバックで対応します。

  • 更新は可能でしょうか？

    Web版と検索結果が同一になるように、検索プログラムや検索データベースの整合性を取ってパッケージングを行なっております。売り切りプランの場合、更新はおこなわず、買い増しを前提としたご提供形態としております。サブスクリプションプランの場合、契約期間内の更新は無償で行なわせていただき、更新されたパッケージ版を同梱した本体（USB）を新たに送付させていただきます。データベース等の更新をお求めの場合は、売り切りプランの買い増しまたはサブスクリプションプランでのご契約をお願いいたします。

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